(1) 直击雷危害
雷电直接击中CNG加油站写字楼、设备车间、加气罩等建筑物，对建筑物本身造成损坏；直接撞击天然气排气管，会引起排气管上方起火，甚至引起爆炸；直接撞击天然气管道、天然气储罐，在雷击冲击波和放电通道高温的作用下，可能导致管道和储罐爆炸；同时，雷击也可能造成直接人员伤亡。
(2) 雷击和电磁感应的危害
当雷电击中CNG加气站区避雷针或屋顶避雷区时，由于雷电流具有电流强度大、前沿陡峭、放电时间短的特点，会在雷电流放电周围空间形成渠道。强大的瞬态电磁场对连接在管道设备上的压力、流量和温度传感器等电子设备构成威胁。较轻的会造成数据错误，较严重的会造成设备损坏。此外，电磁场会在开环上形成感应电动势，在开口处引起间隙放电，如法兰和阀门、平行或交叉管道、辅助电子设备和管道和罐体，引起火灾或爆炸。
 (3) 雷电静电感应危害
在雷电静电感应的作用下，一些管道、罐体和线路上会形成瞬态雷电过电压波（一般可达数百KV至数千KV），沿线路侵入室内，对电气设备和电子设备造成损坏。甚至危及人身安全。